विधानसभा निवडणुकीच्या वेळी भाजपमध्ये प्रवेश करून वाघचौरे यांनी श्रीरामपूर मतदारसंघातून विधानसभेची निवडणूक लढली होती. तेव्हा त्यांचा तेथे पराभव झाला. तेव्हा पासून आजतागायत त्यांनी भाजपच्या झेंड्याखाली काम केले आहे. त्याच प्रमाणे आगामी निवडणुकीला सामोरे जाण्यासाठी शिर्डीची जागा शिवसेनेकडे आहे म्हणून त्यांनी शिवसेनेला या मतदारसंघाची मागणी केली आहे. त्यांनी नुकतीच त्यांच्या समर्थक कार्यकर्त्यांची शिर्डी या ठिकाणी बैठक देखील घेतली आहे. शिवसेनेने उमेदवारी नाही दिली तर तुम्ही अपक्ष उमेदवारी करा अशी वाघचौरे यांच्याकडे कार्यकर्त्यांनी मागणी केली आहे.
भाऊसाहेब वाघचौरे यांनी शासकीय सेवेतून निवृत्ती घेतल्यानंतर २००९ साली शिवसेनेकडून लोकसभेची निवडणूक लढवली होती. रामदास आठवले यांचा सारख्या दिग्गज नेत्याचा पराभव करत त्यांनी लोकसभा गाठली होती. त्यानंतर मात्र त्यांची राजकीय भूमिका बदलल्याने त्यांना पाच वर्षाचा राजकीय वनवास भोगावा लागला आहे. २०१४ च्या लोकसभा निवडणुकीला काँग्रेसमध्ये प्रवेश करून त्यांनी शिर्डीतून लोकसभा निवडणूक लढली मात्र त्यांचा मोदी लाटेत पराभव झाला . आगामी लोकसभेसाठी वाघचौरे यांनी चांगलीच मोर्चे बांधणी सुरु केली असून त्यांनी मतदारसंघातील प्रत्येक गाव पिंजून काढले आहे. त्यामुळे ते या मतदारसंघात अपक्ष जरी उभा राहिले तरी त्यांची लढत निर्णयक ठरू शकते.